A Serra do Japi representa um dos últimos grandes fragmentos de floresta contínua do Estado de São Paulo e é coberta, em sua maior parte, pelas florestas semidecíduas do Planalto Paulista, no que foi definido pelo projeto de Lei nº 285 de 1999, como Mata Atlântica, com base no Mapa de Vegetação do Brasil de 1993 do Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE).
No dia 8 de março de 1983, por meio de decreto do Condephaat, ficou tombada a área abrangida pelas serras do Japi, Guaxinduva e Jaguacoara. De acordo com a redação dada pelo decreto, a região caracteriza-se como “importantes acidentes topográficos e geológicos das serranias de Jundiaí, que, a par com o seu grande valor cênico e paisagístico tem a condição múltipla de banco genético da natureza tropical e de um “castelo de águas” com drenagem radial, de ecossistemas e representativos em termos de flora e fauna; e, região capaz de funcionar como espaço serrano regulador para a manutenção da qualidade de vida de um setor de planaltos interiores de São Paulo, sujeitos a forte urbanização e industrialização”.