As eleições nas 13 cidades em que houve segundo turno no estado de São Paulo transcorreram normalmente de acordo com o Tribunal Regional Eleitoral (TRE). Segundo balanço divulgado foram substituídas 69 urnas eletrônicas. Em Jundiaí foram 18 urnas substituídas, o maior número de substituições do estado de São Paulo.
Na região do ABC, São Bernardo do Campo registrou 11 substituições, Diadema e Santo André tiveram oito cada uma e Mauá, uma. De acordo com o boletim divulgado pelo TRE, na cidade do Guarujá foram trocadas nove urnas.
Em Osasco foram cinco, em Suzano, quatro, em Franca, duas. Apenas uma urna foi substituída nas cidades de Bauru, Guarulhos, Mauá, Ribeirão Preto. Em Sorocaba não foi registrado nenhum incidente.
O segundo turno ocorre em cidades com mais de 200 mil eleitores, quando nenhum candidato obtém a maioria dos votos (50% mais um voto) no primeiro turno. Esta é a primeira vez desde que foi instituída a eleição em dois turnos para prefeito, que a cidade de São Paulo não teve segundo turno.
Ao todo foram preparadas 17.601 urnas eletrônicas para o estado de São Paulo.
